ایزوفلاونوئیدها ساختار مولکولی مشابه استروژن استروئیدی (هورمون جنسی زنانه) دارند و به همین دلیل نیز نامیده می شوند فیتواستروژن ها. با این حال ، فعالیت هورمونی آنها در مقایسه با استروژن تشکیل شده در ارگانیسم پستانداران با ضریب 100 تا 1,000 کاهش دارد. به دلیل شباهت شیمیایی-ساختاری آنها به جنس مونث هورمون, ایزوفلاون بلعیده شده با غذا می تواند به گیرنده استروژن نوع 2 متصل شده و آن را برای استروژن درون زا مسدود کند. بر این اساس، ایزوفلاون در زنان یائسه با سطح استروژن درون زا پایین اثر استروژنی بیشتری نشان می دهد ، در حالی که ایزوفلاون در زنان یائسه با مسدود کردن گیرنده های استروژن اثر ضد استروژنی دارد.
