علائم و شکایات زیر ممکن است نشان دهنده انسفالیت ژاپنی باشد:
- ملایم آنفولانزامانند بیماری - در بیشتر موارد
مننژوآنسفالیت* (بروز: 1 در 250 عفونت).
- در حدود هر 250 امین مورد عفونت.
- زیاد تب، معمولاً 10 روز.
- احساس عمومی بیماری
- سفالژی (سردرد)
- تهوع (حالت تهوع) / استفراغ
- اختلال هوشیاری
- تشنج
- اختلالات رفلکس
- گیجی
- تغییرات رفتاری
- لرزش (لرزش)
- پارسیس (فلج حرکتی)
- اختلالات راه رفتن
- اغماء
* ترکیب شده التهاب مغز (آنسفالیت) و منینژ (مننژیت) کشندگی (مرگ و میر نسبت به تعداد کل افراد مبتلا به این بیماری) در درگیری CNS 30-35٪ است. کودکان و افراد مسن به احتمال زیاد به این بیماری شدیدتر مبتلا می شوند.